1544
trat der Schüler und Vertraute Martin Luthers, Simon Musäus, sein Amt als erster und sehr streitbarer protestantischer Prediger in Fürstenwalde an.
1555
wurde Joachim Friedrich, ein Enkel des Kurfürsten, Bischof, führte den Titel aber nur noch der Form halber.
1557
wurde der Dom den Protestanten übergeben, den bis 1565 Protestanten und Katholiken gemeinsam nutzten. Die Brandenburgischen Kurfürsten traten selbst für die Reformation ein.
1598
wurde er Kurfürst von Brandenburg und der Kirchenbesitz ging an die Hohenzollern über.
1613
sowie 1625 und 1656 beherbergte Fürstenwalde während der Pest die Frankfurter Universität "Viadrina" in seinen Mauern. Seinerzeit genoss Fürstenwalde als Schulstand eine guten Ruf.
1622
erhält die Stadt die kurfürstliche Genehmigung zum Prägen von Münzen. Man hatte damit allerdings schon 1621 angefangen und führte die Prägungen bis 1623 fort. Hergestellt wurden sogenannte Kipperpfennige, ein Inflationsgeld.
Im Dreißigjährigen Krieg wurde Fürstenwalde und die Umgebung von Soldaten unterschiedlichster Einheiten heimgesucht.
1624
leistet sich die Stadt den Rathausturm und wenig später werden einige Teile der Stadtbefestigung renoviert.
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